第一话：高加索
在诺亚打败扎基3年之后，虽然异生售人不断侵扰人类的生活，但并没有给人们的生活带来太大的影响。但这一天，在被TLT称为“高加索之地-Z”（就是当年扎基在新宿出现是形成的一个大坑，现已被封锁。高加索，希腊神话中宙斯囚禁普罗米修斯的地方，现为隔开欧洲和亚洲的山脉名称）的地方出现强大的异生兽波动，数值达到4500（解释：当年准G被TLT抓去测的时候数值在4000的地方变身了，说明nexus的波动为4000，可见这个生命体的反应超过nexus）。当夜袭队赶到现场是发现优已经到了现场（解释：因为拉斐尔的缘故，优的体格已经恢复到正常人的水平，为了更好的了解异生兽，他经常来到现场调查，他所成立的调查小队叫ANGEL（本意是天使，也有先行官的意思），小组成员也都是普罗米修斯之子，代替了NR成为了专门的调查小队，NR只负责消灭异生兽，顺便说一下NR的现状，因为TLT不断的发展壮大，NR也不是原来的4、5个人，现在NR共分3个小队，每个小队5人，A组负责主攻，队长西条风；B组负责掩护，有时也帮助A组进攻，队长孤门一辉；C组负责援护以及保护幸存者，队长平木诗织。NR总指挥和仓英辅。
大家在现场搜索了半天仍没有什么线索，就当大家放松警惕的时候，突然从地底冒出一只巨大的异生兽，“就是它吗？已经3年没碰到这种大家伙了，C组赶快疏散附近居民。”诗织说到，于是C组马上离开了现场，A、B组开始集中火力攻击异生兽，很快异生兽就倒在了地上，（不愧是NR啊，3年里武器变得更精良了）就在NR准备给怪兽最后一击的时候，出现了一个巨大的影子，渐渐实体化了，居然是个全身黄黑相间的奥特曼。只见他伸出手，好象在吸收异生兽的能量，不一会异生兽就化做黄色的粉末消失了，奥特曼也随之消失了。
第二话: LIGHT(闪)
返回基地后NR百思不得其解，那个黄黑相间的奥特曼到底是敌是友？他和THE NEXT，NEXUS是否有什么联系？巨大化异生兽的再次出现是否意味着什么？就在这时候，ANGEL的调查报告出来了：那个4500的波动确认就是那个奥特曼，奥特曼的确是在吸收异生兽的能量。另外，新的奥特曼的名字叫做“LIGHT”（解释：闪，圣经中诺亚之子，在此意为在诺亚之后出现的奥特曼）。暂定为人类的敌人，下次闪出现NR的B组取消掩护指令，用50%的火力试探性攻击奥特曼，其他小组作战指令不变。看到这个，B组队长孤门跑到ANGEL那里，问优为什么要攻击奥特曼，“难道要重蹈攻击正义奥特曼的覆辙吗？”
优“目前还没确定LIGHT是否为正义的奥特曼。”
孤门“那也不一定是邪恶的奥特曼啊！再说他也帮我们消灭了异生兽！”
优“我不想与你多解释，作为NR的一员，你的任务就是服从命令！”
孤门知道辩不过优，就来到里动物园散心。“什有么不开心的吗？”忽然一个20岁出头的PLMM出现在孤门的面前，“你是？”孤门问。PLMM：“你好我叫前田尤莉，请多多指教。”
“哦，你……你好，我叫孤门一辉，我，我……”（我们的孤门还是那么的害羞啊）
就在这时，通讯器里响起和仓指挥的声音：“LIGHT出现在九州岛南部地区，夜袭队B组全体出发。”
第三话：NATION（信念）
NR来到九州岛，发现LIGHT好象在找什么东西。B组依照作战计划对LIGHT进行试探性的攻击，谁料到LIGHT居然大发雷霆，连续发射光线，将B组的1号战机击落。（说明一下，NR每个小组有两架战机，即1号机，2号机，1号为重装甲、重火力的战机，2号则是高机动性的战机）和仓指挥见状立刻发出命令C组立刻疏散周围居民，A、B组集中全部火力攻击LIGHT，就在这时，出现了一只异生兽。“明白了，这家伙是黑暗巨人，也能操纵异生兽，A组B组先集中火力攻击异生兽。”和仓指挥说到。“明白”
NR和异生兽不分胜负，而一直好象在寻找什么东西的LIGHT却向一座山发出了猛烈的攻击，就在差不多将整座山炸平的时候，LIGHT受到了攻击，浮士德出现了！“怎么可能？”NR的队员对不敢相信。可是事实就是如此：浮士德和LIGHT打了起来，而且渐渐占了上风，“可恶，这个家伙的实力增强了很多啊”LIGHT见势不妙，发出了绝招：黑暗电离光线，被浮士德躲开了，却击中了刚刚那座山，“哈哈哈哈~”LIGHT露出了邪恶的笑容，在那座被炸平的山的地方，出现了在姬矢准梦中出现的遗迹
一个温柔的女声：“看来LIGHT要破坏它啊！”
果然LIGHT再一次发出了黑暗电离光线，遗迹被毁坏了，就在遗迹被毁坏的一瞬间，出现了一道光：出现了一个新的奥特曼！“新的奥特曼”孤门说
“没时间管这些，快攻击异生兽”西条风说到。“明白”孤门精神百倍地说到
“什么，明明已经被毁坏了啊，怎么会！”LIGHT惊讶地说。
浮士德说：“你终于如期出现了啊。”奥特曼点点头，就和浮士德一起，对LIGHT发起了进攻
第四话：决战
LIGHT面对两个奥特曼的合力攻击，自知敌不过，就吸收了那只异生兽的能量，但这下NR也可以集中火力攻击LIGHT了。
“可恶，我不会输的”LIGHT进入了自己的“L-领域”。
孤门：“指挥，怎么办？”和仓：“NR确定相位坐标，准备进入领域”“明白”
另一边，吸收了异生兽的能量的LIGHT果然变得更强，面对两个奥特曼的夹击没有露出任何破绽，双方不分胜负。浮士德：“看来得速战速决”于是他发出了自己的绝招：强化加密螺母光线，被LIGHT用黑暗屏障挡住。浮士德：“是机会了，奥特曼”于是奥特曼双手呈叉字型，从头上的能量水晶移到胸前的能量核心，发出了必杀光线，击中了LIGHT，LIGHT受了伤，说到：我不会就此罢手的，下次再来打败你们。”说着，消失了。
奥特曼看了浮士德一眼，浮士德却说：“我不是在帮你，我只是不想消失在黑暗之中，来实现那个预言而已。”说着也消失了。
在另一边，孤门：“指挥，无法找确定L-领域的坐标。”和仓：“怎么会”
一个温柔的女声：“因为L-领域是基于黑暗领域-G和梅塔领域所形成的新领域，它拥有双重相位坐标，所以无法确定它的位置，如果硬要闯进去，也只有50%的几率成功，另外的50%就是永远消失在黑暗中。”
孤门：“你是谁？”女声：“吉良泽优的代替者，新的说明者——铃木纪香。”
第五话：重生
NR回到基地，都很沮丧，NR指挥室突然来了一个mm：“向大家介绍，NR的新队员，沟吕木新也。”说着，那人身后闪出了一个人影，说到：“大家好，我是沟吕木新也，请多多指教。”
孤门：“这个声音……你是新的说明者？”
那个mm说：“是的，我就是铃木纪香。”
西条风：“等一下，难道说，这个沟吕木新也是……”
铃木纪香：“没错，他就是沟吕木真也的弟弟。”
大家都吃了一惊，风说道：“开什么玩笑，让这种家伙加入NR，不等于在基地里装颗定时炸弹吗？”
铃木纪香：“既然已经做出决定，那就不会更改，这是说明者的原则。沟吕木新也，从今天开始，你就是夜袭队A组的成员，你的队长就是西条风。”
沟吕木新也：“明白。”风：“等一下……”可话还没说完，铃木纪香就消失了。“是影象投影。”和仓指挥说。
虽然不情愿，但沟吕木新也还是加入了NR，晚上，沟吕木新也找到风，说：“LIGHT为了增加他的力量，一定会去高加索之地的，请求立刻到达高加索之地戒备。”风的回答让人吃了一惊：“请求批准，沟吕木新也队员马上到高加索之地戒备，其他队员留在基地待命。”沟吕木新也的回应同样让人吃惊：“明白，我马上出发。”
夜晚的高加索之地万籁俱寂，忽然一个黑影蹿入了高加索之地的中心。
“等你很久了，吉良泽优，不，应该是重生并强化了的黑暗梅菲斯特—LIGHT”沟吕木新也说道
优从黑暗中出现，“真没想到你会在这，沟吕木新也，不，应该是重生并强化了的叛徒—浮士德。”
沟吕木新也：“看来一场大战再所难免。”
优：“那就来吧。”
第六话：预言
沟吕木新也和吉良泽优都变身了，LIGHT进入了L领-域，双方展开了激烈的战斗，不过渐渐地LIGHT占了上风。
“今天就是你的末日。”说着，LIGHT召唤出了一只巨大的异生兽，这对本来已经形势不利的浮士德更是雪上加霜，异生兽将浮士德抓住，使他不能动弹，LIGHT对准浮士德的能量核心，准备用黑暗电离光线给他最后一击。
另一边，TLT已经探测到L-领域内的波动，但不敢乱动，因为只有50%的机会进入L-领域，就在大家一筹莫展的时候，孤门说：“请让我一个人进入L-领域吧。”
和仓：“不行，不能冒险。”
“就让他去吧。”这时铃木纪香突然出现：“请相信那个预言。”
“预言？”众人不解
纪香：“也就是在遗迹墙上的文字，已经被破解了一大半，大致是说最终的黑暗蒸发3年后会再次出现，这次会有一个新的光之巨人出现，叫做NATION—信念。”
众人：“也就是那个新的奥特曼的名字？”纪香：“是的，其中有一段是这么说的：‘会有一个勇士进入黑暗的世界，与恐惧做斗争。”
“明白了，孤门，就你一个人，行吗？”和仓
孤门：“没问题的，请相信信念。”
“好的，孤门，马上出发去L-领域。”
“明白”孤门
另一边，L-领域内，浮士德中了黑暗电离光线，已经奄奄一息了，倒在地上痛苦地呻吟着，就在这时，奥特曼NATION出现了，他击倒了LIGHT和异生兽，救了浮士德，但很快LIGHT和异生兽就站起来了，开始夹击NATION，不久NATION被异生兽抓住了，LIGHT准备发射黑暗电离光线，就在这时，孤门出现了，他发射了聚核能量炮（说明：是NR新发明的终极武器，利用特殊电子将铀原子核周围的电子吸引，再使铀原子核发生核聚变，杀伤范围很小，但威力却超过一颗2000万吨级的氢弹，专门对付黑暗巨人的必杀武器，但因为要消耗太大的能量，每次只能用一次）正中LIGHT，LIGHT受了重伤，倒在地上，奥特曼乘机发射了必杀光线，击倒了异生兽，就在奥特曼认为战斗已经结束了的时候，突然又出现了一个黑暗巨人：“哈哈哈哈，奥特曼，等你很久了，我就是窒息的黑暗——Phobia(恐惧)。
“什……什么，波动超过了10000？怎么可能。”孤门在飞机上看着屏幕几乎说不出话来。
第七话：Phobia(恐惧)
面对强大的Phobia，NATION毫无招架之力，胸前的指示器开始闪烁了，孤门见势发射了所有导弹，但对Phobia根本没有效果，Phobia掐住了NATION的脖子，说道：“就让你那点可怜的光在黑暗中消失待尽吧，哈哈哈哈。”
NATION在痛苦地挣扎着，但毫无办法，就在这时，一个身影扑向了Phobia，是浮士德！
Phobia：“什么，你这个叛徒，去死吧！”一道光线正中浮士德，浮士德化作黑色的粉末消失了。孤门：“什么？浮士德居然被杀死了。”
Phobia：“哈哈哈哈，没有人能阻止我，哈哈哈哈。”“别做梦了。”一道光线射中了Phobia，Phobia被打倒在地，但很快就站起来了，发现居然是LIGHT，“什么，难道你也要背叛我吗？”
LIGHT：“哼，我怎么会屈服于黑暗呢。”说着，又发射了黑暗电离光线，Phobia受了伤，消失在黑暗之中，而LIGHT因为耗尽了所有的能量也化作粉末消失了。
孤门：“怎么会这样，LIGHT不是黑暗巨人吗？”
就在这时，NATION和L-领域一起消失了。在高加索，由纪香带领的ANGLE来到现场（说明：纪香为ANGLE副队长，因为找不到优，所以TLT派纪香来到现场），发现地上躺着一个女人。
“这个波动，不会有错的，她就是NATION的适能者。请查一下这个人的资料。”纪香说到。过了一会，一个队员读到：“这个人叫前田尤莉，女，22岁，家住九州岛，19岁就毕业于东京早稻田大学考古系，同年获得博士学位，被誉为日本考古界的新星，但在3年前到全家新宿游玩时所住的旅馆被扎基破坏，父母双亡，但没有找到她的尸体。”
“也就是说，这三年她失踪了？”纪香。“是的，副队长，是否要报告总部？”
纪香：“马上把她送到我位于神奈川县的别墅，并且封锁消息，上面问下来就说什么也没发现。”
队员：“可是……”纪香：“这是命令，其他人马上帮我寻找两个人，一个是我们的队长吉良泽优，另一个是NR的队员沟吕木新也，找到马上通知我。”
众人：“明白。”
纪香：“谜底终于要揭晓了。”
第八话：梦魇
在纪香神奈川县的别墅里，尤莉躺在一张床上，面无表情，头上插满了各种仪器，纪香坐在旁边的电脑前。
纪香：“检查开始，确认波动数值。”“4000”
“体格”“超出正常水平44%”
“肌肉强度”“超出正常水平39%”
“大脑神经末梢数”“超出正常水平54%”
“免疫力”“超出正常水平81%”
纪香：“真是惊人啊，不愧是适能者啊。现在开始进行幻想催眠。”“明白”
纪香：“请告诉我你是从哪里得到这个力量的？”
尤莉：“遗迹。”纪香：“你在这3年里做了什么？”尤莉：“寻找”纪香：“寻找什么？”尤莉：“梦魇。”（说明：梦魇是古希腊神话中的一个神，为人类带来梦）纪香：“什么是梦魇？”尤莉没有回答，只是嘴角抽动了一下，好象在笑。纪香：“你的变身器是什么？”尤莉：“信念”纪香：“什么是信念？它在哪里？”尤莉：“它在……它在……”
突然，尤莉坐里起来，拿掉身上的仪器，推开一名ANGLE的队员，向外面跑去，就在这时，纪香的通信器响了。“神奈川C-4-22区域出现两头一样的异生兽，请感到现场进行指挥。”纪香：“明白，ANGLE暂停一切任务，全体出发。”“明白”
来到现场，发现有两只一样的异生兽。NR的A组（由于西条风在沟吕木新也失踪后同样失踪了，所以和仓指挥暂任A组组长）和B组分别对其展开进攻，但好象没什么效果。
和仓：“可恶，聚核能量炮，准备发射。”
纪香：“等一下，是镜像！”众人：“镜像？”“没错，两个都是镜像，我想异生兽的目的是等我们发射完聚核能量炮后在出现，那样，它就可以肆无忌惮的破坏了。”
孤门：“原来是这样，那该怎么办呢？”
纪香：“要找到它的黑暗源，然后将他破坏。”和仓：“黑暗源？”纪香：“没错，从波动来看，它被一个强大的力量控制并强化了，只要找到这个黑暗源并破坏它，就能发现这只异生兽的本体了。”
和仓：“那么黑暗源在哪里呢？”纪香：“就在……就在两个镜像中垂线向前2公里处。但是那里是一个居民区，C组还需要11分钟才能疏散完成。”
就在这时，异生兽的镜像开始发射光线破坏街道了，而NR却束手无策。突然，出现了一道光，奥特曼出现了。纪香：“跑的还真快，你有什么对策呢？奥特曼。”
特别篇：兄弟
（说明：故事背景是在第七话浮士德中了Phobia的光线消失后）
面对强大的Phobia，NATION毫无招架之力，胸前的指示器开始闪烁了，孤门见势发射了所有导弹，但对Phobia根本没有效果，Phobia掐住了NATION的脖子，说道：“就让你那点可怜的光在黑暗中消失待尽吧，哈哈哈哈。”
NATION在痛苦地挣扎着，但毫无办法，就在这时，一个身影扑向了Phobia，是浮士德！
Phobia：“什么，你这个叛徒，去死吧！”一道光线正中浮士德，浮士德化作黑色的粉末消失了。
“咳咳……”沟吕木新也醒来，发现自己置身于一个混沌的世界中，忽然出现了一个人影，新也：“哥哥！”新也发现那个人居然是自己的哥哥沟吕木真也。
沟吕木真也：“好久不见，新也，你成熟了许多啊。”
沟吕木新也：“哥哥，你真的是哥哥吗？你不是在3年前……”
沟吕木真也：“是啊，所以现在我已经死了。”
真也：“那你……”
新也：“这个已经不重要了，在这个混沌的世界中，不断的有生物被吸进来变成异生兽，而且不久就会有一只最强的异生兽出现在地球，到时候，地球将会面临一场浩劫。现在它就在这里，所以我要你来……”
新也：“趁那只异生兽还没出现在地球之前消灭它。”
真也：“它来了。”
果然，在他们面前，出现了一只体形巨大，面目狰狞的异生兽，新也：“来吧！”说着，变身成为浮士德，但他因为受了重伤胸前的能量核心在闪烁。浮士德奋力用脚把异生兽踢开，发射了一道光线，但好象对异生兽毫无作用，真也：“胸前！它的胸前是它的弱点！”但异生兽的胸前有厚厚的装甲保护，浮士德根本没办法，渐渐地浮士德的攻击越来越无力，这时异生兽从当中翻开了胸前的装甲，发射了强大的光线，浮士德见状马上跳开。沟吕木真也：“知道了，发射光线时就会打开装甲。新也！”沟吕木真也和沟吕木新也交换了一个眼神。
沟吕木真也跑到了异生兽，“喂！这边！”真也引开了异生兽的注意，浮士德迅速移到异生兽的面前用手扳开了异生兽胸前的装甲，异生兽见状对浮士德拳打脚踢，但浮士德忍着巨痛没有理会，在头上聚集了一个能量球，塞进异生兽的装甲里。“轰~”一声巨响。异生兽消失了。
新也倒在了地上。真也马上跑过去：“新也，你没事吧！”
新也睁开了眼睛：“咳咳~哥哥，我没事，咳咳~”
这时，忽然出现一声巨响，混沌中出现了一个巨人：“嗷~你竟敢毁坏我最好的杰作！不可饶恕！让你见识一下我Evil（罪恶）的厉害！）
只见Evil对着两兄弟疯狂地发射光弹，沟吕木真也抱起已经虚弱得没有力气站起来沟吕木新也，忽然，一个光弹射向了兄弟两，可是沟吕木新也却没有受伤，他抬起头看到哥哥很痛苦的样子，原来是沟吕木真也用最后一点黑暗力量和自己的身体挡住了这个光弹。
沟吕木真也：“啊！新也。哥哥……”
新也：“哥哥！哥哥！”
真也：“新也，你记住，真正可怕的不是黑暗，而是罪恶！”说着沟吕木真也消失了。
愤怒的新也站了起来，“可恶，啊！”黑暗笼罩了新也的身体！他再次变身了！并且居然像诺亚一样背后有一对翼！
Evil：“什么？你这家伙……”“我是无尽的黑暗，人类的希望—Freedom(自由，说明：和作为nexus的影子，和nexus一样，同样具有能量爆发后的最终形态，Faust的最终形态就是Freedom,他背后的翼可以任意穿梭于每一个黑暗空间。P.S:不要和高达里的Freedom搞混了）”
Freedom和Evil展开了激烈的交锋，双方你来我往，不分胜负。最后，Freedom在自己面前聚集了一个巨大的能量球，Evil：“笨蛋，这么大的能量球，产生的冲击波连你都会死的！就算你背后的翼可以任意穿梭于每一个黑暗空间，也不可能逃掉！”但Freedom没有理会Evil，他把能量球扔向Evil，果然，Evil被击中了之后产生了强大的冲击波，将Freedom带入旋涡中。
不久，旋涡就消失了，只留下一个回音：“哥哥，我们来世再做兄弟！”
第九话：镜
奥特曼并没有理会镜像，在空中划了一个圈，钻了进去。不一会，两个镜像就消失了，变成了一个腹部镶有一面镜子的异生兽。纪香：“这就是它的本体吗？明白了，奥特曼进入了另一个空间在一个相对平行的位置破坏了黑暗源，真是厉害啊。”
奥特曼又出现了，发出了光线，正中那面镜子，异生兽消失了。但镜子却把奥特曼吸入了另外一个空间。众人：“什么？”纪香：“赶快确定相位坐标，以奥特曼现在的体力和状态，根本不能再战斗了。”众人：“明白。”
在另一边，奥特曼的指示器已经开始闪烁了，他所面对的，是一只面目狰狞的异生兽，
奥特曼刚要上前进行战斗，异生兽忽然变成了两个人，“尤莉，尤莉。”那两个人好象在呼唤奥特曼。尤莉的声音：“爸爸、妈妈！”奥特曼不由自主地向那两个人走去。“来呀，尤莉，快到爸爸、妈妈这边来。”
就在这时，NR的A组、B组和ANGLE号（ANGLE专用的飞机，也能进入别的空间）进入了镜子里。纪香：“不好！快打开声音传输器，我要和奥特曼对话。命令NR暂时待命”“明白”
纪香：“快停下来，奥特曼，那只是幻象。”
奥特曼：“恩？”异生兽：“来啊，快到这边来。”
奥特曼仍旧向那边走去。纪香：“快停下来，奥特曼，那不是你所要找的梦魇，它是一个恶魔！快停止那些愚昧幻想吧！你的父母已经死了！这是不可改变的事实！唯一不会改变的是你的信念，只有信念才会给你带来梦想，信念才是你要寻找的！快醒醒！NATION奥特曼！”
听到了这些话，奥特曼清醒过来了，他一脚把异生兽踢开。和仓：“是机会了，孤门，聚核能量炮，发射！”孤门：“明白！”聚核能量炮正中异生兽，异生兽消失了。奥特曼看了一眼纪香，点了一下头，也消失了。”
第十话：往事
一个阳光明媚的星期天，动物园里：
尤莉：“抱歉，让你久等了。”
孤门：“没关系，你好……请问你是怎么知道我的手机号码的？”
尤莉：“这个嘛……秘密。”孤门：“那你找我有事吗？”
尤莉：“没事只是突然很想见见你。”孤门脸红了。尤莉：“别误会，只是聊聊天而已。说说你的过去吧。”
孤门：“过去，很难忘也很伤心，3年前，一个爱我的人为了救我而死了。”尤莉：“也许历史会重演。”孤门：“什么？”
尤莉：“没……没什么，讲讲3年前的那场灾难吧。”
孤门：“那场灾难死了好多人，不过最终人类的光赢了，不过现在……”
……
另一边，在一个山涧里，西条风找到了奄奄一息的沟吕木新也，风：“沟吕木新也，你没事吧。”
新也慢慢地睁开眼睛：“风……队长。”
风：“你什么都别说了，整个TLT都已经知道了，你就是浮士德。”
新也：“队长，我……”风：“对不起，我误会你了……”新也：“哥哥跟我说，西条风是没有感情的，看来他错了。”风：“沟吕木真也？”新也：“恩……咳咳……他还说，其实黑暗也是能保护人类的，只是……”风：“只是什么？”新也：“只是罪恶使黑暗改变了初衷。我之所以能继承浮士德的力量，是因为他还没有完全被罪恶所支配，LIGHT也是如此。”
风：“罪恶？是指什么？”
新也：“是……啊……咳咳……是……”
风：“沟吕木新也！你要振作！”
新也：“队长，哥哥曾经说过一句话：真正可怕的不是黑暗，而是罪恶。”说着，沟吕木新也闭上了眼睛。风：“沟吕木新也——”
另一边，尤莉：“其实扎基是被你打败的吧！”
孤门：“你怎么会……知道？”就在这时，异生兽出现了。孤门：“啊！可恶，尤莉小姐，你快逃！”而令孤门没有想到的事情发生了：尤莉向异生兽跑去，双手放在胸前——变成了NATION！
第十一话：亚当
NATION和异生兽展开了激烈的战斗，一会，NR赶到现场。和仓：“掩护奥特曼，聚核能量炮，发射！”“明白！”
就在这时，出现了一个黑暗的身影，是Phobia！Phobia挡住了聚核能量炮。Phobia：“哈哈，到黑暗地带坐坐吧。”说着，把奥特曼和NR带入了黑暗地带。
在黑暗地带中，奥特曼奋里攻击异生兽，但不久能量核心就开始闪烁。Phobia：“在黑暗地带很痛苦吧！这可是专门为你设计的啊！”
另一边，愤怒的西条风回到基地，径直来到自由之堡的中心—自由之心，她用镭射枪炸开了大门，来到一个巨人面前，风：“这就是来访者最初的兵器—亚当（说明：是圣经里上帝创造的第一个男人，这里是原始的“来访者”们，模仿解救了他们的光之巨人的样子制作的对付异生兽的兵器，性质和ZAGI一样，但不需要适能者，只要有人进入体内操作，但一但激活启动也会自行进化，所以很危险，是TLT禁用的武器）吗？”这时出现一个人，对风说：“你不要碰她，很危险的！”但风没有理会她（其实这个人就是松永叶月，女承父业，老爸退休后，她就进入后方TLT工作）。进入了亚当体内。“轰~”亚当被启动了。它来到了黑暗地带（因为出发之前和仓指挥通知了失踪的风，所以风知道黑暗地带的相位坐标）。
黑暗地带里，NATION已经筋疲力尽了，倒在地上，而NR的导弹对这只拥有坚硬外壳的异生兽丝毫没有办法。Phobia则在黑暗中看着NATION被折磨。忽然，“乒—”一道光线正中异生兽，异生兽倒地消失了。Phobia：“什么？”亚当出现了！和仓：“什么？那个是……亚当！”
Phobia：“连来访者留下的破东西都敢拿出来，我怎么会输给这种破东西呢？来吧！”
第十二话：审判
“呃……”
“你醒啦，优。”纪香
优：“这里是？”
纪香：“这里是我的别墅，别担心，很安全。”
这时，纪香的通讯器了传来了和仓的声音：“黑暗巨人出现，听到请马上赶到现场！”
优：“是Phobia吧！快……快让我去战斗，他太强了，以NATION现在的实力绝对不是他的对手。”
纪香：“不行，你的身体已经不能再战斗了……”优：“不”一向冷静的优粗暴地打断纪香的话，：“我一定要去，为了人类的未来！咳咳……还有，请你把这个交给孤门。”优拿出了一个类似与进化信赖者的东西，但它的两侧有两片翼。
纪香：“这个是……”优：“这个是诺亚方舟，能让孤门再次变身长诺亚。”
纪香：“可是，孤门不是已经不能再变身了吗？”
优：“没时间了，等我回来再解释——只要我还活着。”说着，优向外面跑去。
纪香：“优！我……我……你对我来说很重要，我不想失去你！我……喜欢你！求求你，优，别去了！”
优：“我别无选择。”说着，向外面跑去。
纪香：“优……ANGLE全体听令，全速赶往现场！”“明白”
另外一边，亚当渐渐支撑不住了。而NR的导弹对Phobia根本没有什么作用。
就在这时，LIGHT出现了。孤门：“是优！”
Phobia：“什么？你居然还活着？不过没关系，很快你就会去另外一个世界了。”
LIGHT和亚当连手对Phobia发起了攻击，但Phobia根本没有什么破绽，渐渐，再次占了上风。”
纪香赶到现场：“可恶，那个家伙真是太强了！优……有了，预言，那个预言一定提到打败那个家伙的方法。”说着纪香打开了电脑，读到：“只有将智慧和黑暗于光融合，才能打败恐惧。这是什么意思呢？”纪香苦思冥想也没有想到，眼看着LIGHT和亚当快撑不住了。忽然，传来了叶月的声音：“我想智慧就是指来访者用智慧制造的兵器——亚当，而黑暗就是LIGHT。”纪香抬头看见叶月站在自己的面前，纪香：”你不是……”叶月：“没时间了，快让LIGHT和亚当把能量给NATION。”纪香点点头，用声音传输器对着LIGHT和亚当说：“听着，马上把你们的力量给NATION，只有这样才能打败Phobia，虽然LIGHT和亚当不知道为什么要这么做，但他们还是把手放在胸前，把所有的能量给了已经倒在地上的NATION。
奇迹发生了：NATION全身发光，变成了另外一个形态。
纪香：“原来如此，审判结束了，处决开始了！”
